生成高清3D基因组相互作用图
科技日报记者 张佳欣。生成 人类基因组的高清很大一部分是由控制区组成的,控制着细胞中的因组哪些基因在给定的时间表达。确定这些调节因素与哪些基因相互作用,相互有助于研究人员了解疾病是作用如何发生的,并找到治疗方法。生成据《自然遗传学》杂志8日报道,高清麻省理工学院的因组研究人员使用了一种新技术,可以以比以前高出100倍的相互分辨率绘制这些相互作用图。 DNA片段3D结构艺术图。作用 图片来源:药物目标评论网。生成 研究人员说,高清通过这种方法,因组他们生成了历史上分辨率最高的相互3D基因组图谱,看到了前所未有的作用增强子和启动子之间的大量相互作用。 研究团队首先使用了名为Micro-C的更新技术。然而,Micro-C成本高,还没有达到足够高的分辨率来识别特定的相互作用类型。 因此,该团队设计了一种更有针对性的基因组相互作用测序方法,从而大大降低了可能的基因组位点数量,并将测序成本降至约1000美元。这叫“区域捕获微型C”(RCMC)新方法可以以极低的成本生成比其他已知技术详细100倍的图像。 在测序中,研究人员关注了5个不同大小的区域,从数十万到大约200万个碱基对。它包括一种具有明显特征的基因,它在胚胎发育过程中的组织形成中起着关键作用。 在对目标DNA片段进行测序后,研究人员发现了许多与Sox2相互作用的增强子,以及附近基因和增强子之间的相互作用。在其他地区,特别是那些充满基因和增强子的地区,一些基因与多达50个其他DNA片段相互作用,平均每个相互作用点与约25个其他DNA片段相互作用。
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